Wordの文書比較機能は変更履歴の表示に近いのに対し、「ちゃうちゃう！」は純粋に文字列（＝テキスト）を比較するためのソフトウェアです。
このため、両者には多くの違いがありますが、同じ文書を比較した場合の比較結果に焦点をあてて、違いをいくつか説明してみました。

https://chaw-chaw.com/wp/wp-content/uploads/Word.pdf

その他、各機能の詳細については、マニュアルを参照してください。