比較可能な文字数は、Windows OSにおける文書処理の文字数の制限に依存します。
この点について、弊社ではOSごとの具体的な制限値を把握しておりません。

実際に社内で検証した結果、Windows 10の場合で少なくとも日本語の全角１００万文字（＝英語の半角文字に換算すると２００万文字）の文書を１回で問題なく比較できました。

このため、通常の業務で運用する程度の文字数であれば、ほとんどの場合に問題にならないと考えられます。

【注意】
全体の文字数が少ない場合であっても、差分の多い文書に不適切な区切り文字を使用して比較を実行すると端末に負荷がかかり、お使いの環境によっては処理しきれなくなる可能性があります。

このような場合は、適切な区切り文字に変更するか、何回かにわけて比較をしてください。