Word文書のデータ（特に改行部分）に見えない「ゴミ」が入っていると、コピー＆ペーストをしたときに文字が消えることがあります。
原因は、ちゃうちゃう！ではなくWordデータ側にあり、次の方法で対処可能です。
どちらの方法でも解決しますので、やりやすいものを選んでください。

・該当するファイルを拡張子.txtのテキスト形式で保存し、開き直してコピーしたものを、ちゃうちゃう！に貼り付ける。

・比較したいデータをコピーして、テキストエディタに貼り付け、エディタからコピーしたものを、ちゃうちゃう！に貼り付ける。

ようするに、問題になるデータをテキスト形式にしてWordが裏で抱えているゴミを削除することで、解決します。